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O presidente Michel Temer é investigado no Supremo Tribunal Federal por corrupção passiva, organização criminosa e obstrução da Justiça. No mesmo inquérito também são suspeitos dos mesmos crimes o senador Aécio Neves (PSDB-MG) e o deputado Rodrigo Rocha Loures (PMDB-PR), ambos afastados dos cargos por decisão do relator da Lava-Jato no Supremo Tribunal Federal, ministro Edson Fachin. No enquadramento penal das ações atribuídas ao trio, Janot diz ter verificado que "Aécio Neves, em articulação, dentre outros, com o presidente Michel, tem buscado impedir que as investigações da Lava-Jato avancem, seja por meio de medidas legislativas, seja por meio do controle de indicação de delegados de polícia que conduzirão os inquéritos", escreve no processo o procurador-geral da República, Rodrigo Janot.
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De acordo com o chefe do Ministério Público Federal, a estratégia foi revelada por Aécio, durante conversa gravada com o empresário Joesley Batista, controlador do grupo JBS. O senador fala sobre uma tentativa de frear a Lava-Jato e cita o ex-ministro da Justiça e atual ministro STF, Alexandre de Moraes. O objetivo do senador seria interferir na escolha de delegados que conduzem inquéritos, "mas isso não teria sido finalizado entre ele (Aécio), Michel Temer e Alexandre de Moraes", escreve Janot no pedido de inquérito.
"O que vai acontecer agora, vai vir inquérito sobre uma porrada de gente, caralho, eles aqui são tão bunda mole que eles não notaram o cara que vai distribuir os inquéritos para os delegados. Você tem lá, sei lá, tem 2 mil delegados na Polícia Federal. Aí tem que escolher 10 caras. O do Moreira, o que interessa a ele, sei lá, vai pro João. O do Aécio vai pro Zé. O outro filho da puta vai pro, foda-se, vai pro Marculino, nem isso conseguiram terminar, eu, o Alexandre e o Michel", afirma Aécio.
Ao narrar o encontro de Joesley com Temer, na noite de 7 de março no Palácio do Jaburu, Janot cita o trecho do diálogo no qual o empresário relata ao presidente que bem mantendo uma boa relação com o ex-deputado Eduardo Cunha (PMDB-PR), condenado na Lava-Jato e preso em Curitiba, e ao doleiro Lúcio Funaro. "Temer confirma a necessidade dessa boa relação: 'tem que manter isso, viu?'. Joesley fala da propina paga 'todo mês' a Cunha, acerca da qual há anuência do presidente", escreve Janot.
Em outro trecho, o procurador cita uma conversa de Joesley com Aécio, na qual o senador revela que Michel Temer havia lhe pedido a retirada da ação de cassação de mandato que tramita contra o peemedebista no Tribunal Superior Eleitoral.
"A Dilma caiu, a ação continuou, e ele quer que eu retire a ação. Cara, só que se eu retirar, e não estou nem aí, não vou perder nada, o Janot assume, o Ministério Público essa merda".
Joesley Batista, controlador do grupo JBS, se apresentou voluntariamente para narrar as ilegalidades supostamente cometidas por Temer, Aécio e Rocha Loures. Em reunião na sede da Procuradoria Geral da República, em 7 de abril, Joesley teria apresentado provas de sua relação com os investigados, incluindo quatro gravações de conversas com os políticos.
No depoimento, Joesley narra seu histórico de crimes. Relata ter pegado "propina" a servidores públicos, deputados, senadores e presidentes da República. Os repasses a políticos, ligados a corrupção, envolvem doações oficiais de campanha e pagamentos em caixa 2, inclusive com dinheiro em espécie.Pela contabilidade de Joesley, a empresa doou R$ 400 milhões de forma oficial nos últimos anos e outros R$ 100 milhões em caixa 2.
Os crimes relatados ocorreram nos últimos 15 anos, conforme o empresário. Ele narrou aos investigadores que realizou auditoria interna nas empresas e "passou a documentar e fazer mais registros dos possíveis ilícitos, porque sabiam que uma hora seriam chamados para dar explicações".