O primeiro trabalho do novo técnico do Inter, Zé Ricardo, à frente de um time profissional foi no Flamengo. Após boa campanha como interino, ele foi efetivado em julho de 2016. Ao todo, foram 89 jogos no comando da equipe carioca, obtendo 47 vitórias. Em sua primeira temporada, terminou o Brasileirão em terceiro, levando o Fla para a Libertadores.
Em janeiro de 2017, foi campeão do Carioca, único título conquistado em sua carreira. Zé Ricardo foi demitido em agosto do mesmo ano, após eliminação precoce na Libertadores e resultados ruins no Campeonato Brasileiro.
Logo após a saída do Flamengo, foi anunciado em agosto de 2017 no rival Vasco. No clube, iniciou seu trabalho na disputa contra o rebaixamento no Brasileirão, mas conseguiu improvável classificação para a Libertadores ao terminar o campeonato em sétimo. No cruz-maltino foram 50 jogos, com 22 vitórias. Em junho de 2018, pediu para ser desligado do cargo após uma série de resultados negativos.
Dois meses depois, foi contratado para outro clube do Rio. O Botafogo o anunciou em agosto de 2018. No Brasileiro, terminou a competição em nono lugar. Sua passagem pelo alvinegro foi encerrada em abril de 2019, depois da eliminação na Copa do Brasil para o Juventude. Seu último trabalho foi no Fortaleza. Na equipe cearense, foram apenas sete jogos e uma vitória.
O aproveitamento de Zé Ricardo como técnico
Flamengo
Jogos: 89
Vitórias: 47
Empates: 25
Derrotas: 17
Aproveitamento: 62%
Vasco
Jogos: 50
Vitórias: 22
Empates: 13
Derrotas: 15
Aproveitamento: 53%
Botafogo
Jogos: 41
Vitórias: 17
Empates: 11
Derrotas: 13
Aproveitamento: 50%
Fortaleza
Jogos: 7
Vitórias: 1
Empates: 2
Derrotas: 4
Aproveitamento: 24%
