O Colégio Mauá, de Santa Cruz do Sul, foi criado no dia 27 de julho de 1870, como a Sociedade Escolar - Schulgemeinde (hoje, Sociedade Escolar de Santa Cruz), tinha como objetivo oferecer educação de qualidade aos filhos dos imigrantes alemães que colonizaram o município. Um grupo de imigrantes foi responsável pela fundação da instituição, que serviu de auxílio ao pastor Hermann Jacob Bergfried, que criou, dois anos antes, a sua escola particular, com aulas nas salas paroquiais.
Com isso, surgiu a Deutsche Schule (Escola Alemã), primeiro nome do educandário santa-cruzense que, quatro anos depois, passou a ocupar prédio próprio, com pequena torre, na esquina das ruas Marechal Floriano e Borges de Medeiros. Em 1892, ocorreu a instalação do internato.
Em 1900, a escola começa a ser administrada pelo Sínodo Rio-Grandense e, assim, segue por 14 anos. Após esse período, a Sociedade Escolar Santa Cruz passa a operar novamente o educandário, que recebeu novo nome: Deutsche Evangelische Schule. Os prédios do internato masculino foram inaugurados em 1922 e, no ano seguinte, ocorreu o lançamento do internato feminino, instalado junto à Casa Paroquial. Em 1935, o nome da escola é modificado para Colégio Synodal, sendo alterado novamente em 1942 para Instituto Visconde do Mauá, durante o período da Segunda Guerra Mundial.
Em 1949, com a presença do embaixador Osvaldo Aranha, foi realizada a inauguração do auditório do educandário. Esse mesmo ano, marca a atual denominação da instituição: Colégio Mauá. Em 1970, são inauguradas novas salas de aula na Rua Sete de Setembro. No ano de 1966, o Museu do Colégio Mauá foi aberto ao público. Desde então, o local se tornou referência na preservação da História. Como é o único da cidade, sua importância atinge todo o Vale do Rio Pardo. Em 1981, o Lar do Estudante passou a ser a nova sede do Colégio Mauá, com a desativação dos internatos.
O Mauá tem hoje uma área de 50 mil metros quadrados, resultado da área de 22 mil metros quadrados doada por Augusto Hennig e de outros 21 mil metros quadrados recebidos da Sociedade de Tiro ao Alvo, além de outras contribuições da comunidade e da prefeitura. Pessoas como o médico e presidente da Associação de Pais e Mestres em 1980 e 1981, Ibanez Lara Filho, o ex-prefeito Arno Frantz e o ex-diretor Osvino Toillier, junto à mantenedora, foram responsáveis pela transferência do colégio do centro da cidade para a área onde se encontra hoje.
Em 2019, foi inaugurado o prédio do Ensino Fundamental da escola, com quatro andares, abrigando as turmas do primeiro ao sexto ano, além de salas de música, idiomas, artes, coordenação e psicologia, biblioteca, laboratório de informática, cozinha e cantina. Nesse mesmo ano, o Colégio Mauá assumiu a gestão administrativa e pedagógica da Escola de Educação Infantil Criança & Cia, localizada na Rua Osvaldo Cruz. Com a mudança, a escola passou a usar a denominação Colégio Mauá – Educação Infantil – Unidade II.
Atualmente, o Colégio Mauá tem 2.025 alunos, da Educação Infantil ao Ensino Médio, 128 professores e 108 funcionários. A direção geral é do professor Nestor Raschen, tendo como vice-diretor o professor Mártin Goldmeyer.