Porto Alegre estava com pouco mais de 40 mil moradores quando começou uma tradição religiosa repetida todos os anos. Os devotos de Nossa Senhora dos Navegantes comemoram neste 2 de fevereiro os 150 anos da procissão até a Zona Norte. Em 1875, foi lançada a pedra fundamental da primeira capela.
A festa de Navegantes em Porto Alegre tem origem em 1871. A imagem da santa foi trazida de Portugal. Inicialmente, ficou na capela do Menino Deus. A obra foi encomendada ao escultor português João de Affonseca Lapa.
O jornal O Constitucional noticiou que a procissão, em 1873, saiu da Igreja das Dores, percorrendo a Rua dos Andradas até a doca. A imagem foi colocada em uma embarcação e seguiu rodeada de barcos até a margem do Guaíba no Menino Deus, local da festa.
Um terreno para construção de nova capela foi doado por Margarida Teixeira de Paiva no final da Rua Voluntários da Pátria. Católicos lançaram em 1875 a pedra fundamental e realizaram a primeira procissão até o local. Na região de chácaras, desde o ano anterior, passava a ferrovia de Porto Alegre a São Leopoldo.
A capela, na margem do rio, deu nome ao bairro Navegantes. Nossa Senhora Mãe de Deus é a padroeira de Porto Alegre, mas Nossa Senhora dos Navegantes virou a festa religiosa mais popular.
Na noite de 21 de dezembro de 1910, o fogo destruiu a capela e a imagem da santa. Quando os bombeiros chegaram, ajudaram moradores da vizinhança a arrombar a porta dos fundos, mas salvaram pouca coisa. A imprensa levantou a suspeita de fogo criminoso.
Em 1911, missa campal ocorreu na Praça Navegantes, em frente à capela destruída. A nova igreja foi inaugurada em 6 de abril de 1913 numa grande festa. Em procissão após missa na Igreja do Rosário, uma nova imagem da santa foi levada ao cais do porto e transportada pelo rio. A obra em madeira foi esculpida pelo mesmo artista português da primeira imagem.
O local ficou inundando em todas as grandes enchentes, como em 1941 e 2024. A igreja passou por obras de ampliação na década de 1930. O aterramento do rio e a construção da ponte do Guaíba modificaram o entorno.
Por questões de segurança, desde 1989, a imagem de Nossa Senhora dos Navegantes não é transportada pela água, em procissão fluvial. Ela é carregada por fiéis que caminham entre a Igreja do Rosário e o Santuário Navegantes.