Assim que o rei D Manuel e, a seguir, seu filho e sucessor D. João III deflagraram, por volta de 1499, o processo que iria impor de vez o poder do Estado e estabelecer a monarquia centralizada em Portugal, ficou evidente que o sistema judiciário seria um aliado natural na obtenção daqueles propósitos. "Racional" e sistemática, a instituição oferecia à Coroa os mais amplos e eficientes mecanismos de controle sobre a população – o que incluía não só o próprio código penal, mas também o arquivamento de dados sobre os súditos, uma novidade na época.